ორგანული და არაორგანული პიგმენტები მათი წარმოშობისა და ქიმიური თვისებების მიხედვით განასხვავებენ.
წყარო: ორგანული პიგმენტები მოპოვებულია ან სინთეზირებულია ცხოველებიდან, მცენარეებიდან, მინერალებიდან ან ხელოვნურად სინთეზირებული ორგანული ნაერთებიდან. არაორგანული პიგმენტები მოპოვებულია ან სინთეზირებულია მადნებიდან, მინერალებიდან ან სინთეზური არაორგანული ნაერთებიდან.
ქიმიური თვისებები: ორგანული პიგმენტების მოლეკულები ჩვეულებრივ შედგება ნახშირბადის შემცველი რთული სტრუქტურებისგან და მათი ფერი განისაზღვრება ორგანული ნაერთის ქიმიური სტრუქტურით. არაორგანული პიგმენტების მოლეკულები, როგორც წესი, შედგება არაორგანული ელემენტებისაგან და მათი ფერი განისაზღვრება ელემენტების თვისებებითა და სტრუქტურით.
სტაბილურობა: არაორგანული პიგმენტები ზოგადად უფრო სტაბილურია ვიდრე ორგანული პიგმენტები და უფრო მდგრადია სინათლის, მჟავას, ტუტესა და სითბოს მიმართ. ორგანული პიგმენტები გარკვეულ პირობებში შეიძლება დაიშალოს ან შეიცვალოს ფერი. ფერების დიაპაზონი: მათი ქიმიური სტრუქტურის განსხვავებების გამო, ორგანულ პიგმენტებს ზოგადად უფრო ფართო ფერის დიაპაზონი აქვთ, რაც უფრო ცოცხალი ფერების საშუალებას იძლევა. არაორგანულ პიგმენტებს ფერების შედარებით ვიწრო დიაპაზონი აქვთ. გამოყენების სფეროები: ორგანული პიგმენტები შესაფერისია საღებავების, საღებავების, პლასტმასის, ქაღალდის და სხვა სფეროებისთვის. არაორგანული პიგმენტები ფართოდ გამოიყენება კერამიკაში, მინაში, პიგმენტებში, საიზოლაციო და სხვა სფეროებში.

უნდა აღინიშნოს, რომ როგორც ორგანულ, ასევე არაორგანულ პიგმენტებს აქვთ საკუთარი უპირატესობები და მახასიათებლები, ხოლო რომელი პიგმენტის გამოყენება დამოკიდებულია კონკრეტული გამოყენების საჭიროებებზე და სასურველ ეფექტზე.